У 16. веку Баточина се развија захваљујући развоју трговине, тако да 1520. године има 66 кућа, од којих је један део припадао исламизираним муслиманима. Због пораста муслимана је у Баточини, у другој половини 16. века, саграђена џамија. Није познато када је срушена, вероватно у 17. веку, после ратова између аустријске и турске војске, нарочито после битке код Баточине 1689. године, у којој су Аустријанци потукли турску војску, наневши јој велике губитке.
У биткама са Турцима страдало је и локално становништво, као и због различитих заразних болести, нарочито куге, тако да се број становника Баточине од једног до другог турског пописа знатно мењао и по броју и по структури. Због тога Баточина све до 19. века остала паланка са око 50 кућа. Опстала је због свог доброг положаја на цариградском друму и хајдука, којих је од 18. века у овом крају било у приличном броју. Томе је погодовало и то што су цела данашња Шумадија и Поморавље били обрасли густим и непроходним шумама погодним за скривање хајдука, али и за збегове у које се становништво склањало пред налетима турског зулума.